Ajans’ın karar organı olan Yönetim Kurulu, Adana ve Mersin illerinin valileri, büyükşehir belediye başkanları, il genel meclisi başkanları, sanayi ve ticaret odaları başkanlarından müteşekkildir. Ajans’ı, yönetim kurulu başkanı temsil etmekte olup yönetim kurulu başkanı validir. Ajans’ın görev alanında iki il bulunduğundan yönetim kurulu başkanlığı dönüşümlü olarak yapılacaktır. Şu anda Ajans’ın Yönetim Kurulu Başkanı, Adana Valisi Sayın İlhan ATIŞ, Yönetim Kurulu Başkan Yardımcısı ise Mersin Valisi Sayın Hasan Basri GÜZELOĞLU'dur.

Yönetim Kurulunun görev ve yetkileri şunlardır:

            1.Yıllık çalışma programını kabul etmek ve Devlet Planlama Teşkilatı Müsteşarlığının onayına sunmak.

2. Yıl içinde ihtiyaçlara göre bütçeyi revize etmek.

3. Yıllık malî raporu ve kesinleşen bütçe sonuçlarını onaylamak.

4. Taşınır ve taşınmaz mal alımı, satımı ve kiralanması ile hizmet alımına karar vermek.

5. Altı aylık ara rapor ile yıllık faaliyet raporunu Devlet Planlama Teşkilatı Müsteşarlığına göndermek.

6. Ajans bütçesini onaylamak ve Devlet Planlama Teşkilatı Müsteşarlığına göndermek.

7.Genel sekreterlik tarafından sunulan program, proje ve faaliyetlerin desteklenmesine ilişkin teklifler ile kişi ve kuruluşlara yapılacak yardımları onaylamak.

8. Ajansa yapılacak bağış ve hibeleri kabul etmek.

9. Personelin işe alınması ve işine son verilmesine karar vermek.

10. Genel sekreterce belirlenen çalışma birimlerini ve bunlar arasındaki işbölümünü onaylamak.

11.Genel sekreteri belirlemek ve Devlet Planlama Teşkilatı Müsteşarlığının onayına sunmak.

12.Taşıt dışındaki taşınır malların alımı, satımı ve kiralanması ile hizmet alımı konularında genel sekreterin yetkili olacağı sınırları tespit etmek.

Çukurova Kalkınma Ajansı Yönetim Kurulu 8 üyeden müteşekkil olup isimleri ve unvanları aşağıda belirtilmiştir: